Drei große Kapitelle auf raumhohen Säulen assoziieren einen Kirchenraum, dessen hinterer Teil Architekturelemente aus Kirchen und Klöstern zeigt. Auch die Stoffe, liturgische Gewänder und ein Wandbehang, stammen aus sakralem Kontext; ihre Inszenierung erinnert an einen Kirchenschatz. Dieser Raum wird auch für kleine Veranstaltungen (Musik, Lesungen) genutzt, die zu seiner Atmosphäre passen.

Dieser Raum präsentiert Denkmäler aus der ptolemäischen, römischen und frühchristlichen Zeit, die in München in allen Objektgruppen hervorragend vertreten sind, also in Relief und Rundplastik, mit Architekturelementen und Kleinkunst. So kann der Nachhall der pharaonischen Zeit wie das Erbe der klassischen Antike aufgezeigt werden, daneben aber auch das Entstehen der frühchristlichen Kunst durch die Umdeutung antiker und altägyptischer Motive.

Diese Fragmente stammen von Statuen der Göttin Isis und ihres Sohns Harpokrates, von Falken und von einer Königsfigur. Sie sind das Ergebnis absichtlicher Zerstörung, und ihr Sinter-Überzug ist durch eine lange Lagerung im Wasser entstanden. Dies wird durch eine Beleuchtung der Vitrine mit blauem Licht samt Lichtreflexen veranschaulicht, die lange Erklärungen überflüssig macht.

In der Folge beginnt ein Siegeszug altägyptischer Traditionen bis an die Grenzen des Imperiums, ein Triumph der ägyptischen Götter, allen voran der zur Universalgöttin gewordenen Isis und ihres Kultgenossen Serapis. Beginnend in den Hafenstädten, entstehen an vielen Orten zahlreiche Heiligtümer für den Kult ägyptischer Götter, deren bedeutendstes, das Iseum Campense, im Zentrum Roms auf dem Marsfeld lag.

Als Folge der Niederlage der vereinigten Flotten der ägyptischen Königin Kleopatra und des römischen Feldherrn Marc Anton gegen Octavian, den späteren Augustus, in der Seeschlacht von Actium im Jahr 31 v. Chr. wird Ägypten zur Provinz und damit zur Kornkammer des Römischen Reiches.

Das Krokodil symbolisiert Ägypten, die Aufschrift „Aegypto Capta“ („Nach der Unterwerfung Ägyptens“) erinnert an den Sieg der Römer in der Seeschlacht von Actium. Die Münze wurde 28/27 v. Chr. noch vor der Übernahme des „Augustus“-Titels geprägt und zeigt den siegreichen Octavian als jugendlichen Mann. Solche Münzen wurden zur Entlohnung von Soldaten geprägt und fanden sich vor allem in Nîmes, dem Wohnort der Veteranen.

Der altägyptische Bildtypus der Muttergottheit Isis mit dem Horuskind ist in griechisch-römischer Zeit auf ikonographischer und stilistischer Ebene variiert worden. Er bildet den wichtigsten Beitrag Altägyptens zur sich allmählich ab dem 1. Jhdt. entwickelnden frühchristlichen Kunst: Aus der Isis Lactans, der stillenden Muttergöttin, wird Maria, die Muttergottes mit dem Jesusknaben auf dem Schoß.

Mit knapp 3000 Objekten zeigt das Museum rund ein Drittel seines Bestandes in der Dauerausstellung, was für eine archäologische Sammlung sehr viel ist. Mit Blick auf die Qualität der Stücke sind jedoch etwa 95 Prozent ausgestellt. Die übrigen lagern in klimatisierten Räumen, sortiert nach Materialien. Dabei handelt es sich überwiegend um Keramik, Fayencen und Reliefs aus Kalkstein sowie Objekte aus verschiedenen organischen Materialien wie Holz, Elfenbein und Papyrus.

Das Anch, Schriftzeichen für „Leben“ und in der altägyptischen Bildersprache das Symbol der Verbindung zwischen Gott und Mensch, verkörpert die Hoffnung auf ewiges Leben und Auferstehung. Es wird in dieser Bedeutung in die frühchristliche Kunst übernommen und wandelt sich zum Kreuz. Auch die Geburtslegende und altägyptische Literatur, der Glaube an die Auferstehung, die Vorstellung von Hölle und Teufel leben in der neuen Religion des Christentums weiter.